กระทรวงชื่อใหม่ของประเทศไทยที่มีชื่อยาวๆ ว่า กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม ซึ่งเป็นกระทรวงที่ควบรวมหน่วยงานจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (ซึ่งแยกออกมาจากกระทรวงศึกษาธิการ) กับกระทรวงวิทยาศาสตร์ พร้อมทั้งกับหน่วยงานผู้ให้ทุนวิจัยหลักอีกสองที่ซึ่งได้แก่ 1.สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ (วช) และ 2.สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม (หรือ สกว เดิม) โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้เกิดบูรณาการของการสร้างระบบนวัตกรรมและการวิจัย และการผลิตบุคคลากรของประเทศไว้ด้วยกัน
ทั้งนี้ โครงสร้างกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมจะมี 4 กลุ่มงาน โดยกลุ่มแรก กลุ่มงานนโยบายและวางแผน งบประมาณ ทุนวิจัย (ทั้งทุนวิจัยทั้งด้านวิทยาศาสตร์ มนุษยศาสตร์ และสังคมศาสตร์)
กลุ่มที่สอง กลุ่มสถาบันบัณฑิตวิทยาศาสตร์แห่งประเทศไทย โดยในกลุ่มนี้จะเน้นงานวิจัย ดาวเทียม ดาราศาสตร์ นิวเคลียร์ ซินโครตรอน จะมีหน่วยงานอย่างสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) สถาบันวิจัยดาราศาสตร์แห่งชาติ (สดร.) สำนักงานพัฒนาเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ หรือจิสด้า
กลุ่มที่สาม กลุ่มมหาวิทยาลัยที่เน้นการวิจัย ทั้งวิจัยพื้นฐาน วิจัยสู่อนาคต และวิจัยประยุกต์ ครอบคลุมทั้งด้านวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี มนุษยศาสตร์ และสังคมศาสตร์ และ
กลุ่มที่สี่ กลุ่มมหาวิทยาลัยเชิงพื้นที่ ซึ่งก็คือ มหาวิทยาลัยราชภัฏที่มีทั่วประเทศ เพื่อตอบโจทย์การพัฒนาตามภูมิสังคมในแต่ละพื้นที่
จากงานศึกษาของธนาคารโลก (The World Bank) ที่มีชื่อว่า "Putting Higher Education to Work: Skills and Research for Growth in East Asia" (พิมพ์ชื่อนี้ใน Google และ download อ่านได้เลย) ได้ระบุถึงปัญหาของสถาบันอุดมศึกษาว่า ภาคอุดมศึกษาเป็นหน่วยงานที่ "ตั้งอยู่โดดเดี่ยว" โดยประสบปัญหาของการ "การไม่เชื่อมต่อ (Disconnect)" อะไรกับใครเลย โดยในรายงานระบุว่าภาคอุดมศึกษาไม่ได้เชื่อมต่อใน 5 ด้านได้แก่
1. ไม่ได้ Connect สู่ผู้ใช้งานบัณฑิต - ดังจะเห็นได้จากปัญหาความไม่สอดคล้องทางการศึกษา (Educational Mismatch) ที่บัณฑิตไม่ได้จบสาขาหรือมีทักษะตามที่ตลาดแรงงานต้องการ บัณฑิตตกงานและองค์กรกลับขาดแคลนคน นอกจากนี้ยังไม่ได้มีการพัฒนาระบบสหกิตศึกษามากเท่าที่ควร
2. ไม่ได้ Connect ไปสู่ผู้ใช้ประโยชน์จากงานวิจัย - ซึ่งเป็นปัญหาว่างานวิจัยส่วนมหญ่ของมหาวิทยาลัยไทยมักขึ้นหิ้ง นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยยังผลิตงานวิจัยที่ตีพิมพ์ในวารสารวิชาการในต่างประเทศน้อยมาก
3. ไม่ได้ Connect ไปสู่หน่วยงานผู้ให้ทุนและกับสถาบันวิจัยต่างๆ ที่มีอยู่ - ดังจะเห็นได้ถึงงานวิจัยที้ซ้ำซ้อน ทำออกมาเรื่องใกล้ๆ กัน นอกจากนี้การให้ทุนจากบางแห่งยังเป็นการให้ทุนที่ไม่มีประสิทธิภาพ ไม่ได้นำไปสู่งานวิจัยที่มีคุณภาพจริง
4. ไม่ได้ Connect ไปสู่มหาวิทยาลัยด้วยกัน - ดังจะเห็นได้จากการที่ถึงแม้มหาวิทยาลัยไทยจะมีความร่วมมือด้านหลักสูตรกับมหาวิทยาลัยจากต่างประเทศเป็นจำนวนมากก็ตาม แต่ความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยในประเทศด้วยกันเองยังมีน้อยมากเนื่องจากแต่ละมหาวิทยาลัยมีทัศนคติของการแข่งขันกันมากกว่าที่จะร่วมมือกัน
5. ไม่ได้ Connect ไปสู่โรงเรียนที่จะต้องส่งเด็กมาเรียนต่อ - ดังจะเห็นได้จากการที่เด็กจำนวนมากไม่ได้มีความรู้ถึงสาขาที่ตนต้องการเรียนต่อมากนัก เด็กต้องเลือกเรียนตามค่านิยมหรือเลือกเรียนในสาขาที่ตนเองไม่ได้สนใจจริง
ด้วยปัญหา Disconnect ดังกล่าวนี่จึงส่งผลทำให้ มหาวิทยาลัยเป็นองค์กรที่แน่นิ่งและเปลี่ยนแปลงยาก โลกมีการเปลี่ยนแปลง แต่มหาวิทยาลัยก็ยังไม่เปลี่ยนแปลงตาม ดังนั้นการควบรวมกระทรวงนี้จึงเป็นเพียงบันไดขั้นแรกลดปัญหา Disconnect ของมหาวิทยาลัยกับหน่วยงานวิจัยและหน่วยงานผู้ให้ทุนเท่านั้น (ด้านที่ 3) แต่ก็ยังไม่ได้หมายความว่ากระทรวงใหม่นี่จะช่วยให้มหาวิทยาลัยจะสามารถพ้นสภาพการหลุดจากเกาะออกมาได้ โดยเฉพาะเมื่อโลกเทคโนโลยีเกิดการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วมาก
ยังไม่เป็นที่แน่ชัดว่าบัณฑิตที่จบจากมหาวิทยาลัยจะมีทักษะตามความต้องการจากตลาดแรงงานได้จริง และยังไม่แน่ชัดว่างานวิจัยหรือนวัตกรรมที่ถูกสร้างจะนำไปใช้ประโยชน์ได้จริงเช่นกัน
นอกจากนี้ นวัตกรรมที่ไม่ได้เกี่ยวข้องกับทางด้านวิทยาศาสตร์ เช่นงานวิจัยทางสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ที่จะช่วยในการพัฒนาท้องถิ่นและชุมชนนั้นจะได้รับการสนใจมากน้อยเพียงใด
ดังนั้น จึงเป็นสิ่งจำเป็นที่กระทรวงใหม่นี่จึงควรให้ความสำคัญเป็นอย่างมากกับการส่งมอบงานวิจัยหรือนวัตกรรมที่ผลิตออกมาให้สามารถสร้างประโยชน์ในเชิงพาณิชย์ (Commercialization) หรือมีตัวชี้วัดในการสร้างประโยชน์ให้แก่ชุมชนและสังคมให้ได้ ซึ่งในส่วนนี้คงเป็นความท้าทายที่จะยกระดับมหาวิทยาลัยให้สามารถทั้งเป็นผู้สร้างคน สร้างงานวิจัย และส่งมอบคนและงานวิจัยนั้นให้เกิดประโยชน์แก่ประเทศได้จริง